Mit der Besiedlung des gesamten Gottscheer Landes erfolgte auch die Gründung neuer Seelsorgestationen. Bis zum Jahre 1363 zählte man schon sieben: Gottschee, Kostei, Ossiunitz, Mösel, Altlag, Nesseltal und Rieg. (Die Kirchen in Altkirchen = Mitterdorf, Göttenitz und Pöllan standen bei der Ankunft der Einwanderer schon).
Folgende Lokalkaplaneien wurden im 15. und 16. Jahrhundert zu selbständigen Pfarren erhoben:
- Nesseltal im Jahre 1400
- Rieg 1407
- Mösel, Altlag, Tschermoschnitz und Ossiunitz im Jahre 1509
Gottschee hatte schon im Jahre 1393 seine selbständige Pfarre, der jeweilige Pfarrer des damaligen Marktes und nachherigen Stadt, wurde gleichzeitig Hauptpfarrer im Ländchen.
Erst nach Errichtung einer Lateinschule in Reifnitz begann die Zeit, in der die Seelsorgestationen mit Gottscheer Priestern besetzt wurden. Die Söhne vieler Gottscheer Familien erhielten ihre Mittelschulausbildung an der kirchlichen Lateinschule und studierten dann Theologie in Aquileja, Udine oder Cividale. Nach Empfang der Priesterweihe wurden sie bald in der Heimat als Priester eingesetzt.
Die ersten Priester aus dem Gottscheer Lande waren Christian Achatz, Balthasar Renner und Leonhard Grober, die die Priesterweihe 1495 empfangen haben, weiters Michael Waller 1497 und Paul Kaspar 1499, alle aus der Stadt Gottschee, sowie Matthias Staudacher 1496 und Nikolaus Speck 1497, beide aus Rieg.
Im Jahre 1787 wurden die Archidiakonate abgeschafft und die Dekanate eingeführt. Am 8. März 1787 wurde die Pfarre Gottschee zum Dekanate erhoben und ihm alle Gottscheer Pfarren unterstellt.
Folgende Lokalkaplaneien wurden in Folge zu Pfarren erhoben:
- Mitterdorf 1788
- Stockendorf 1791
- Obergras-Suchen 1834
- Unterdeutschau 1854
- Masern 1875
- Unterlag 1875
- Unterwarmberg 1875
- Pöllandl 1875
- Ebental1876
- Morobitz 1876 und
- Göttenitz 1878
Die Gottscheer Pfarren gehörten seit dem Jahre 1787 zur Diözese Laibach. Bis zum Jahre 1751 unterstanden sie dem Patriarchate Aquileja. In der Zwischenzeit von 1757 bis 1787 waren sie in der Diözese Görz einbezogen.
Wie der Verwaltungsbezirk Gottschee sich nicht mit dem Gottscheer Volksboden deckte, so war es auch mit der Zusammensetzung der Pfarrsprengel. Das Dekanat Gottschee hatte unter sich die Pfarren Gottschee, Altlag, Banja Loka, Ebental, Fara, Göttenitz, Mitterdorf, Mösel, Expositur Oberskrill, Morobitz, Nesseltal, Osilnica (Ossiunitz), Rieg, Unterdeutschau, Unterlag und die ursprünglich zum Dekanate Seisenberg gehörige Pfarrgemeinde Unterwarmberg , von denen die schräg gedruckten Orte slowenische Pfarrgemeinden darstellen. In das Dekanat Rudolfswerth (Novo Mesto) fallen die Gottscheer Pfarrgemeinden Tschermoschnitz und Pöllandl. Zu Reifnitz (Ribnica) gehörten Masern und Suchen. Dem Dekanat von Semitsch (Semic) war Stockendorf zugeteilt. Das ergab mit der Expositur Oberskrill 118 deutsche Pfarrgemeinden.
Auch nach dem Zusammenbruch der österreichisch-ungarischen Monarchie 1918, ist trotz des Slawisierungsbestrebens des Königreiches der Serben, Kroaten und Slowenen (SHS) die Kirche im Gottscheer Lande ungeschmälert die Vermittlerin und Trägerin der hochdeutschen Schriftsprache geblieben. Die bestehenden 18 Pfarrgemeinden waren zumeist mit in Gottschee geborenen Geistlichen besetzt. Vereinzelt in den Pfarren an der Grenze der Sprachinsel, amtierten slowenische Pfarrer (Ebental, Unterdeutschau, Pöllandl und Unterlag), die sich bemühten, mit der deutschen Bevölkerung in gutem Einvernehmen zu leben. Die Pfarre Suchen war schon um die Jahrhundertwende an einen slowenischen Priester gefallen.
Der Gottscheer hat des Hochdeutsche, in der Predigt zur Erscheinung gebracht, als etwas ihn vom Alltage löslösendes, als Ernsteres, Weihevolleres empfunden.
Nach Ende des zweiten Weltkrieges wurde Gottscheer Kulturgut mutwillig zerstört. So sind von den oben angeführten Pfarrkirchen mehr als die Hälfte der Spitzhacke zum Opfer gefallen:
- Unterwarrnberg, 1942 zerstört
- Masern 1943 bei Kriegshandlungen zerstört und 1949 abgetragen
- Altlag 1943 in Brand gesteckt und 1955 abgerissen
- Unterdeutschau 1951 gesprengt
- Göttenitz in den 50ger Jahren abgerissen
- Morobitz 1952 beseitigt
- Rieg 1954 zerstört und abgetragen
- Nesseltal 1949 mit Benzin übergossen und angezündet 1955 abgerissen
- Expositur Oberskrill, 1950 noch unversehrt, 1953 oder 1954 abgerissen
- Ebental, die 1952 nationalisierte Kirche verfiel zusehends 1991 stürzte der Kirchturm in die verfallende Kirche; in den letzten Jahren begann der Wiederaufbau dieser ehemaligen Pfarrkirche.
Unversehrt blieben nur:
- die Stadtpfarrkirche in Gottschee
- die Pfarrkirche in Suchen
- die Pfarrkirche in Mitterdorf
- die Pfarrkirche in Mösel
- die Pfarrkirche in Pöllandl und
- die Pfarrkirche in Tschermoschnitz.
Die Pfarrkirche in Unterlag wurde vom Gottscheer Verein Peter Kosler vor dem Verfall gerettet.
Um den Erhalt der Pfarrkirche in Stockendorf bemüht sich der Gottscheer Altsiedlerverein in Krapflern.